Hermann Samuel Reimarus sinh ngày 22 tháng 12 năm 1694 tại Hamburg và là con trai cả của Nikolaus Reimarus và Johanna Wetken. Cha của ông xuất thân từ mộc gia đình mục sư theo nhánh Tin Lành Luther, còn mẹ ông là con gái của một gia đình tư sản thuộc tầng lớp thượng lưu. Thuở nhỏ, H. S. Reimarus nhận được sự giáo dục từ cha mình và, từ năm 1710, từ nhà nghiên cứu Hy Lạp-La Tinh nổi tiếng Johann Albert Fabricius - sau này là cha vợ của Reimarus - tại trường trung học Gelehrtenschule des Johanneums. Năm 19 tuổi (1714), ông tốt nghiệp chứng chỉ thần học, triết học và ngôn ngữ phương Đông tại Đại học Jena. Nhờ sự giúp đỡ của thầy Fabricius, năm 1716 ông đến Đại học Wittenberg và trở thành giảng sư độc lập (privatdozen) tại đây. Ông cũng nhận được bằng thạc sĩ về từ vựng học của tiếng Hebrew và năm 1719 trở thành phụ tá trong khoa triết học của trường. Ông du học sang Anh và Hà Lan trong năm 1720-21 và năm 1723 trở thành hiệu trưởng một trường trung học ở Wismar. Năm 1728 ông trở thành giáo sư dạy tiếng Hebrew và ngôn ngữ phương Đông tại trường trung học ở quê hương Hamburg. Cùng năm đó, H. S. Reimarus kết hôn với con gái của thầy J. A. Fabricius. Hai người có với nhau tổng cộng 7 mặt con, nhưng chỉ có người con trai cả - nhà vật lý Johann Albert Heinrich Reimarus - và một người con gái Katharina Elisabeth Reimarus (tên thân mật là Elise) là sống được đến tuổi trưởng thành.

Từ khi nhậm chức cho đến cuối đời, Reimarus tiếp tục công việc hiệu trưởng của trường trung học tại Hamburg, mặc ông dù đã nhận được khá nhiều lời mời gọi hấp dẫn từ các tổ chức khác. Đối với ông, chức vụ hiệu trưởng khá nhàn hạ, và ông tìm thấy sự hứng thú trong việc nghiên cứu ngữ văn học, toán học, lịch sử, kinh tế chính trị, khoa học và lịch sử tự nhiên bên cạnh các công tác thường nhật. Reimarus viết khá nhiều tác phẩm về ngữ văn, thần học, triết học và trở thành một nhân vật có danh tiếng tại địa phương và có quan hệ rộng rãi trong tầng lớp trí thức thời đó, kể cả đối với một số nhân vật có địa vị cao trong xã hội. Căn nhà của ông cũng là một trong những trung tâm văn hóa nổi trội nhất tại Hamburg.

H. S. Reimarus là một trong những người sáng lập Hiệp hội Hamburg vào năm 1765, một tổ chức bảo trợ cho nghệ thuật và thương mãi. Một đài tưởng niệm Reimarus đã được dựng tại "căn nhà của hội những người yêu nước" (Haus der patriotischen Gesellschaft), nơi những thành viên của hiệp hội họp bàn với nhau.

Vào cuối tháng 2 năm 1768, Reimarus mời một số người bạn đến nhà chơi và nói với họ rằng ông muốn gửi lời chào vĩnh biệt trong lần gặp gỡ cuối cùng này. Mười ngày sau đó (1 tháng 3 năm 1768), H. S. Reimarus qua đời tại quê nhà Hamburg, hưởng thọ 73 tuổi.